自《呼包鄂协同发展规划纲要（2016-2020年）》实施以来，协同发展体制机制已基本建立，各市在协同发展重点领域取得突破，与此同时，也面临着一些困难和问题亟待解决。 

　　一、协同发展推进机制还需进一步完善。自治区推动呼包鄂及乌兰察布协同发展专项工作组虽已成立，但目前部分协同发展事项仅停留在方案上，没有在四市取得实效，四市各部门、各旗县（区）间协商沟通、互动往来不足，有关督查考核机制有待建立完善，没有形成上下联动、横向协同的工作合力。推动呼包鄂及乌兰察布协同发展战略过程中，缺乏突破体制壁垒、主动积极和改革创新的有效举措。 

　　二、协同发展的质量和水平有待提高。受行政区划限制，市场一体化进程较为缓慢。部分地区、部门、行业封闭现象突出，各类生产要素配置还是以行政区域为主，市场化程度较低，没有形成统一的金融、信贷、人才市场，缺乏统一规划和配套机制。产业协作水平和产业集中度不高，没有形成产业集群和产业链条，存在产业结构不合理、资源浪费、同质化竞争的现象，科技研发、技术储备、创新能力都是短板，导致产业升级转型缺乏后劲。 

　　三、部分跨区域重大项目工程推进缓慢。特别是铁路、公路和黄河大桥等跨区域项目由于协调难度大、前期手续繁杂、涉及部门多、融资压力增加、运行效益差等诸多因素，导致部分重大项目推进缓慢。包头市与达拉特旗3座黄河大桥的建设，需要前期协商解决的问题较多。呼准鄂快速铁路时速偏低与呼张客专、京张高铁不匹配，未能实现呼包鄂1小时快速铁路经济圈。 

　　四、节能降耗等压力较大。呼包鄂乌四市均处于工业化中后期阶段，地区经济发展需要不断有新的工业投资来拉动，但同时节能降碳要求逐年提高也对四市特别是鄂尔多斯市、包头市的工业化进程形成了一定制约。综合产业结构、能源结构以及发展定位等因素，鄂尔多斯、包头两市节能降耗和水指标不足、环保压力重的问题十分突出。 

　　五、创新发展水平有待提高。呼包鄂乌地区科技创新能力与全国平均水平相比还存在很大差距，对有效解决“四多四少”问题的助推作用不强，科技创新对经济高质量发展支撑不足，主要表现在：创新投入不足，创新产出较低，高层次人才储备不足；基层科技管理部门作用弱化；区域内各类创新平台载体，无论是从质量和数量上，都需进一步提高，特别是国家级平台载体数量较少，引导和示范作用不强。